Dengan mengedepankan motto : High Quality Service is Our Main Priority prodi farmasi poltekkes kemenkes kupang terus berupaya mendedikasikan dirinya untuk  Menjadi Program Studi  yang unggul dengan pelaksanaan Tridarma perguruan tinggi yang berorientasi kepada pelayanan farmasi komunitas dan pharmapreneurship.

Dalam perjalanannya pada bulan April 1989 segala kegiatan yang berkaitan dengan proses belajar mengajar dipindahkan ke gedung baru yang beralamat di jalan Adi sucipto penfui Kupang. Dengan semakin bertambah dan meratanya tempat – tempat pelayanan kesehatan, semakin majunya Iptek dan diikuti pula dengan peningkatan kebutuhan masyarakat akan pelayanan kesehatan  khususnya kefarmasian, maka perlu adanya peningkatan kualitas Sumber Daya  Manusia  Kesehatan.Berdasarkan pemikiran tersebut maka Sekolah Menengah Farmasi  Kupang mengajukan permohonan penilaian untuk dikonversi menjadi Akademi Farmasi. Berdasarkan permohonan penilaian maka dilakukan Akreditasi  dan hasilnya  berdasarkan keputusan KaPusdiknakes Depkes RI Nomor HK. 00.06.4.3.4100 tanggal 14 desember 1999 diperoleh nilai 83,69 dengan strata B. Berdasarkan hasil akreditasi, maka  pada tanggal 10 Juli 2000, melalui keputusan KaPusdiknakes Depkes RI nomor HK. 00. 06. 1.4.1893,  Sekolah Menengah Farmasi di konversi menjadi  Akademi Farmasi ( Akfar ) Kupang dan pada tanggal 21 desember 2004 Akfar Kupang bergabung dengan Politeknik Kesehatan Kupang menjadi Program Studi Farmasi.  Peralihan Program Studi Menjadi Jurusan pada bulan April 2008 berdasarkan Permenkes RI No. 890/ Menkes/ Per/VIII/2007. Berdasarkan Surat Keputusan Pengurus Perkumpulan Lembaga Akreditas Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (Perkumpulan Lam-PTKes) nomor 0478/LAM-PTKes/Akr/Dip/XII/2020 tentang status, nilai dan peringkat akreditasi maka status prodi Farmasi Kupang terakreditasi A dengan nilai 362 dan peringkat A