Sejarah Program Studi DIII Keperawatan Ende pada awalnya merupakan Akademi Keperawatan Ende. Pada tanggal 16 April 2001 Akademi Keperawatan Ende bergabung dengan Politeknik Kesehatan Depkes Kupang berdasarkan keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial RI. Nomor 298SK/IV/2001 tentang Oragnisasi dan Tata Kerja Politeknik Kesehatan. Selanjutnya pada tanggal 26 Mei 2001 Akademi Keperawatan Ende berubah menjadi Program Studi D.III Keperawatan Ende berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 1798/D/T/2001 tanggal 26 Mei 2001 tentang Persetujuan Pembukaan Program- Program Studi Diploma III pada Politeknik Kesehatan di Lingkungan Departemen Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial, dan kembali ditegaskan sebagai Program Studi Diploma III Keperawatan dalam lingkup Politeknik Kesehatan Kemenkes Kupang berdasarkan Permenkes No.890/Menkes/Per/VIII/2007 tentang Organisasi dan Tatakerja Politeknik Kesehatan tanggal 02 Agustus 2007.
Untuk menentukan kelayakan program studi, maka pada tahun 2004 Program Studi Keperawatan Ende mengajukan akreditasi ke Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Departemen Kesehatan (Pusdiknakes) dan pada tanggal 21 Desember 2004 sesuai keputusan Kepala Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Departemen Kesehatan (Pusdiknakes) Nomor HK.00.06.2.2.02387 mendapatkan predikat B dengan nilai 80,05. Pada Tanggal 6 Januari 2011 kembali mendapatkan predikat B dengan nilai 81,20 sesuai Keputusan Kepala Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Departemen Kesehatan (Pusdiknakes) Nomor HK.06.01/III/00013.4//2011. Selanjutnya pada tahun 2015 Program Studi Keperawatan Ende mengajukan akreditasi ke Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes) dan mendapatkan predikat B dengan nilai 303 berdasarkan Keputusan Kepala Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM- PTKes) tanggal 31 Januari 2016 dengan Nomor 0309/LAM-PTkes/Akr/Dip/I/2016. Untuk pengajuan akreditasi tahun 2020 Program Studi DIII Keperawatan Ende mendapatkan nilai akhir 352 mengalami peningkatan dengan status akreditasi strata B
Program Unggulan Prodi DIII - Keperawatan Ende
Program unggulan program studi Keperawatan Ende adalah :
- Penanggulangan Bencana Alam
Segala upaya atau kegiatan yang dilaksanakan dalam rangka pencegahan, mitigasi, kesiapsiagaan, tanggap darurat dan pemulihan berkaitan dengan bencana yang dilakukan pada sebelum, saat, dan setelah bencana